Trasa Biegu Granią Tatr będzie wyznakowana w miejscach skrzyżowania szlaków oraz w punktach newralgicznych. Do oznaczenia użyte są chorągiewki (trasery) koloru żółtego natomiast skrzyżowane czerwone chorągiewki oznaczają zakaz przejścia. Niezależnie od oznaczeń, każdy zawodnik podczas całego biegu zobowiązany jest do posiadania mapy, którą otrzyma w pakiecie startowym.